水资源是制约宁东基地发展的一个重要因素。宁夏年降水量稀少，用水主要来源于黄河，每年的用水量都呈现出只增不减的态势，如何节约用水，更好的为工业发展服务？黄河水利委员会科技委主任陈效国说：“工业必须要靠节水来谋发展，可以依靠水权转换来实现。就是工业拿钱给农业进行节水改造，节约剩下的水再卖给工业用于制造生产。”
宁东基地虽然发展迅速，但是煤炭资源仍然后劲不足，光靠宁东基地的资源力量显然不够。而内蒙古的上海庙距离宁夏临河工业园区非常近且资源丰富，其总资源量相当于宁东基地探明储量的一半，不过“我们有资源需要，他们有用水限制。”中国工程设计大师，中国国际工程咨询公司专家委员会戴少康认为，黄河是宁夏宁东基地发展的一个天然条件，内蒙古上海庙恰恰缺少这样的有利因素，因此完全可以与宁夏合作，互惠互利。“宁、鄂、榆都是以煤炭为原料来发展的煤化工基地，均往东南亚和内地销售，很容易出现市场重叠，客观上造成相互竞争。”戴少康说，为了避免这样的恶性竞争，国家相关部门必须牵头，打破行政地域限制，让“金三角”地区充分协商，有效利用资源，减少各自为阵、产业雷同、市场重叠的不利影响。就此，专家郑垲也有同样的意见，即差异化发展，避免同质。郑垲建议，宁东基地在招商引资的过程中可吸引一批高附加值的企业，用高端产业来占领市场。
中央财经领导小组办公室副主任杨伟民对宁东基地发展提出了几点建议：推动能源利用方式变革，推进能源清洁开采和利用；从煤炭采掘向煤化工及其它产业链延伸发展，从单一功能的“煤炭基地”向复合型的“能源化工基地”转型；发展循环经济，加大节能减排力度，减少污染物和二氧化碳排放，探索碳交易，加强资源综合利用；高度重视水资源的高效、循环利用；落实“点上开发、面上保护”的原则，同步推进生态修复；控制开发强度，细化功能区域，定边界、定功能、定强度；加强产业链招商，招商、招人并举。
