煤炭是新疆自治区优势资源转换战略中最具潜力、后发优势明显的优势资源。长期以来，受煤炭外运和煤电外输的瓶颈制约，新疆煤炭资源优势难以发挥，煤炭生产增长和煤炭工业发展主要以满足疆内经济社会发展和人民生活需求为目标，市场相对封闭独立。煤炭产品的深加工和精加工尚在起步阶段，煤化工、煤层气开发利用起步缓慢，未形成规模化深加工、转化和综合利用产业链。
2011年年初，国家已将新疆列为全国大型煤炭基地之一，纳入国家能源和煤炭发展规划。今后新疆煤炭工业发展怎样融入“三化”（新型工业化、农牧业现代化、新型城镇化）建设中，怎样在发展中实现资源开发可持续、生态环境可持续，将资源优势转化为经济优势，必须慎重思考。
提高煤炭产业集中度
国家和自治区政府近年来对新疆煤炭优势资源的开发重视程度与日俱增，引进神华、徐矿等大型煤炭集团，大大提高了煤炭开采能力，已初步形成以政府为导向的轮轴式产业集群模式。
但是，新疆煤炭产业结构不合理、产业集中度低，转变发展方式的任务依然艰巨。新疆虽是煤炭资源大省区，但区内分布不均衡，北富南贫，全区年产30万吨以下的矿井仍占90%，行业经济效益差。
要实现煤炭工业生产规模化、经营集约化、技术现代化，优化煤炭产业结构，进行全区煤炭资源开发布局的战略性调整，发展以煤为基础的多元产业等，将是“十二五”及今后急需解决的问题。
因此，新疆要对煤炭资源的开发进行科学合理规划，以建设全国第14个大型煤炭基地为目标，以建设四大煤炭基地和11个重点矿区及13个一般矿区为重点，坚持“一个矿区以一个主体开发为主”和就近适量原则，遵循资源赋存规律，科学合理布局和规划，有序推进资源开发进程。要鼓励全社会参与大型煤炭基地和重点矿区内的基础设施、外运通道、相关产业项目建设，形成若干煤炭产业集群；加大煤炭管理体制和运行机制的创新力度，推进煤炭企业战略性调整和改组；组建产、运、销一体化的跨地区、跨行业、跨所有制的大型煤炭企业。
要大力引进国内外和区内外大集团，保证融资和技术来源，发挥大集团的资金、技术、人才及管理优势，带动煤炭产业集群竞争力的提高，进一步提高新疆煤炭产业的集中度。
开启煤炭运输专用通道
由于地域原因，新疆远离我国东部煤炭消费中心，煤炭生产和消费空间相对封闭。消费以疆内市场为主，占产量的90%以上；区内传统市场煤炭消费增量有限，兰新铁路第二双线正在建设，外运受到铁路运能的限制；随着大批大中型现代化煤矿陆续建成投产，短期内煤炭产能过剩的趋势将愈发明显。
因此，发展煤炭运输专用通道、加快提升煤炭物流产业成为解决我国西部“窝煤”、东部“缺煤”现象的关键。建议加快推进新疆至内地“西煤东运”、“西电东送”战略通道的建设，并将矿区煤炭运输、供电、供水等基础设施纳入国家规划并由国家投资建设。
新疆的煤炭运输专线系统工程可以概括为“一主两翼”：“一主”指新建兰新铁路客运线，将原有客运线改为货运线，主要用于煤炭运输；“两翼”分北翼和南翼，北翼指新疆将军庙-巴里坤-伊吾-策克(内蒙古)铁路，南翼指哈密-敦煌-西宁-成都铁路。同时，要积极启动哈密—兰州、兰州—西安等铁路运煤专线建设，加大修路运煤力度，以缓解全国能源紧张态势。要研究和探索新疆煤炭大开发、大运输、大销售需要的煤炭交易机制和方式；建立和完善煤炭交易网络建设；建立煤炭出疆销售的计量、计价机制；研究制定煤炭价格形成机制。煤炭物流业的产业化发展，要与煤炭企业集团的构建同步。
