2009年12月，经国家交通部批准，北海港、钦州港、防城港三港有效整合成“北部湾港”，打破了三港各自为政、各成体系、分散经营的格局，三港建设和经营从此有了统一规划，统一价格，竞争能力大大提高，2011年，北部湾港口吞吐能力超过1.5亿吨，吞吐量同比增速超过30%，为全国规模以上港口增速第一，与2005年的3195万吨相比较，增长3.69倍。
作为广西北部湾经济区运输骨干的铁路，承担着2/3的北部湾港口货物发运量的南宁铁路局为满足满足三大港口对铁路运输能力的需求，南宁铁路局先后与港务、企业建立了定期联系制度、期走访制度，与港口各运输大客户签订运量互保协议，组织运输人员深入港口相关大企业了解企业产销运情况、以及对港口货物的新需求，提前掌握到达的船只，做好需求运能的准备。在港口进口货物流向成都方向多、运输压力大的时候，该局及时向铁道部反映争取了运能支持，有效地缓解铁路运输压力。
为了提高广西三大港口作业效率，南宁铁路局多次派出工作组深入港口现场调研，分析铁路运输生产环节中出现的问题，提出改进措施，港口作业效率得到明显提升；南宁铁路局还定期组织各大港口相关部门召开运输效率协调会，制订紧急疏港措施，指导港口内部挖潜，积极为港口疏运创造良好的外部条件；针对每年6月至9月化肥关税下调“窗口期”密集到港的情况，提前召集各主要生产厂家、代理商、港口等单位开多方协调会，协调生产厂家均衡发运到港化肥，使出口化肥压港情况大幅减少，避免待卸积压现象发生，使今年出口化肥集港疏运快捷顺畅。
与此同时，该局还通过推进货场设施建设、铁路建设，为港口的持续发展创造条件。随着钦州港货物吞吐量不断攀升，原来仅有2条货物线的钦州港火车站无法满足港口货物外运需求。今年2月5日，广西沿海铁路公司启动钦州港火车站货场二期扩能改造工程，增建3条货物线。7月2日，该工程竣工投入使用，每年将增加358万吨货物装卸能力，极大满足港口疏港运输需求。
目前，广西沿海的南钦铁路、钦防铁路、钦北铁路、黎钦铁路等建设项目进展顺利。这些项目建设的实施，将进一步缓解北部湾港铁路运输能力紧张的状况，为北部湾港继续快速发展奠定了基础。据统计，今年上半年，广西沿海铁路公司货物发送2019.8万吨，同比增长24.4%。其中，防城港铁路货物发送量最大,达到1452万吨，同比增长24%。
