铁路普遍服务尤其是公益线路亏损是不争的事实。铁道部部长盛光祖在一次内部会议上表示，去年公益运输线路亏损700亿元。据记者了解，铁路普遍服务是指包括无法通过商业化运营来补偿成本，但又出于某些宏观因素考虑而必须提供的服务，主要包括军事物资、扶贫救灾、军人残疾人和在校学生等大量非盈利性的公益运输服务。另外，偏远地区、山区的铁路建设成本高、运营成本大、收益低，在这些地区提供的服务收益能力没有保证，比如青藏铁路、新疆铁路等公益性铁路也属于普遍服务。
“我国铁路运输业普遍服务的资金保障主要是铁道部的交叉补贴，包括路局之间的交叉补贴，运输服务项目之间的交叉补贴。”北京交通大学教授赵坚告诉《经济参考报》记者，这种供给方式的缺点是“账算不清楚，运量大的路局可能会亏损，运量小的路局反而盈利，没法调动企业的积极性。”
业内人士表示，随着我国铁路体制机制改革的深入，铁路运输企业将逐步成为独立的市场主体，并走向商业化运输服务然而，完全的商业化运行，将导致普遍运输服务的缺失；但如果继续采取强制服务、交叉补贴来实现供给，又无疑会制约铁路运输企业的形成和产业改革的进程。这种两难的悖论制约着铁路运输业改革的进程。如果无法建立正常的资金来源和成本补贴机制，那么铁路运输企业的市场主体地位就难以真正形成，政企分开也无从谈起。
赵坚认为，如果对铁路普遍服务进行补贴，应该说是铁路政企分开迈出关键性的一步“这部分补贴比起铁道部的债务来说是笔小钱，关键不在于钱的多少，而是它对政企分开的促进作用。”事实上，铁路服务项目正在走向便捷、高效，铁道部已经推出了一些服务计划，从网上购票到车票打折、会员积分等多项服务业务。今年年初，铁道部副部长胡亚东表示铁道部将计划试点开展常旅客服务计划，通过积分累计和兑换，提供免费车票、贵宾候车、行李搬运、酒店住宿等增值服务，也引起广泛关注。
财政对铁路普遍服务进行补贴的另一个重要意义是有利于社会资本来投资铁路。虽然国家已经出台了鼓励民间资本入股参与铁路建设的新政策，但铁路作为基础设施，投资大，再加上权责不清和产权收益不确定，如果没有政府资金的支持和引导，难以吸引更多的民资参与。
按照规划，“十二五”后三年还要完成铁路建设投资1 .3万亿元，投产新线两万多公里。如何解决资金来源问题，仍是困扰未来铁路建设投资的主要问题，而在铁路建设面临融资难的背景下，社会资本被寄予厚望。
业内人士表示，铁路普遍服务补贴是政企分开的前提，政企不分的话社会资本也不愿意投资铁路“公共服务减半收费，都在亏损运营，而社会资本是逐利的，它们不愿意进来”。上述人士表示，但是反过来，如果铁道部仍然政企不分，不能实现企业化管理，那么国家也不会对铁路的普遍性服务进行补贴“政企改革和对铁路普遍性服务进行财政补贴是相互制约、相互促进的关系。”
