从单一低税率到税费名目林立
新中国成立以来，我国煤炭税费制度建设取得显著成就，但目前仍存在税费负担过重、收费名目繁多、税“费”化严重等一系列问题。这些问题已经严重影响煤炭产业乃至整个国民经济的可持续发展。因此，要加快推进煤炭税费制度综合改革，建立健全法制规范、效率优先、兼顾公平、与煤炭产业在国民经济中的战略地位相一致、与市场经济体制相适应的新的税费制度体系。
新中国成立初期，为保障社会生产生活对煤炭的需要，政府对煤炭产业一直实行单一的低税率政策，主体税种是产品税，税率为3.35%，国有煤炭企业全部税收占煤炭销售收入的比重平均为5.58%。
1979年，增值税试点工作开始，征税范围仅为机械和农业机具行业。1984年，国务院颁发了《中华人民共和国增值税条例（草案）》，财政部颁发了《中华人民共和国增值税条例（草案）实施细则》。这标志着增值税制度在我国正式建立。1992年，国家颁布了《中华人民共和国资源税暂行条例》，开始对煤炭企业征收资源税。
改革开放促进了经济发展，为适应经济发展需要，政府开始建设性收费，如1986年开始征收港口建设费和资源补偿费，1988年开始征收电力建设基金，1989年开始征收土地复垦费，1991年开始征收铁路建设基金等。其中，行业性的建设性收费都明确了起止时间，如铁路建设基金2006年到期。煤炭税费并存制度开始形成。
1994年我国实行税制改革，取消了产品税，建立了以增值税为主体的税制体系，设立了25个税种，其中与煤炭企业有关的主要有增值税、资源税、企业所得税等21个。其中，增值税率为17%。因普遍反映税率偏高，财政部、国家税务总局于1994年发出通知（财税字〔1994〕第036号），将煤炭产品增值税率降至13%；从2009年起，又恢复为17%。
2007年，党的十七大提出要“建设生态文明，基本形成节约能源资源和保护生态环境的产业结构、增长方式和消费模式”。各级政府为贯彻落实这一要求，纷纷推出煤炭资源有偿使用、矿山生态环境恢复及职工社会保障体系完善方面的政策措施。当时，正是我国煤炭工业走出低谷进入十年辉煌的第六个年头，产业景气度较高，各地利用这一有利机会先后大幅调整了煤炭税费征收标准，其间又增加了许多收费或基金项目。
截至目前，我国涉煤的税费不少于109项，除21个税种外，还包括矿产资源补偿费、探矿权及采矿权使用费、探矿权及采矿权价款、煤炭价格调节基金、铁路建设基金、水利建设基金、港口建设费、生态补偿基金、造林费、水土保持设施补偿费、水土流失防治费及各种协会会费等各种规费，据初步统计，不少于88项。
现存税费制度的问题
目前，我国煤炭税费制度存在的主要问题是税费负担过重、各种收费太滥、税“费”化严重。
税费负担过重
1994年税制改革造成煤炭企业税负过重已是不争的事实，为此国家曾为煤炭企业减负。按照国务院批示，1995年财政部对原中央财政煤炭企业因税制改革多缴的增值税实行每年定额返还17.1亿元的政策。1998年，煤炭部撤销，原部属煤炭企业下放地方管理后，该项政策继续执行，但早已名存实亡。
在我国产业分类目录中，煤炭开采和洗选业归属工业类。按公平赋税原则，其在做各项抵扣后的增值税税率应与工业企业平均税率大致相同。但统计结果表明，煤炭开采和洗选业的增值税税率大大高于工业企业增值税税率。2011年全国煤炭开采洗选业增值税实际税率为7.5%，而同年全国规模以上工业企业增值税实际税率为3.12%，二者相差4.38个百分点；与1995年实施增值税初期相比，全国规模以上工业企业增值税税负下降29.05%，而煤炭开采和洗选业仅微降1.55%，下降幅度相差27.5个百分点。
