目前，我国存在的煤炭税费问题，已经严重影响煤炭企业运营、产业发展和战略地位的提升，必须从战略高度给予重视，并采取有效措施加以解决。
解决煤炭税费问题是保障煤炭产业转型升级，实现健康、稳定和可持续发展，加快建成现代能源产业体系，进一步提升我国的综合国力与国际竞争力，保障国家能源安全和国民经济安全的重要举措，是不断深入的经济体制改革的重要内容，也是规范政府行为、铲除行政腐败的重要措施。
从规范政府行为入手
分析和研究结果表明，煤炭税费问题产生的主要责任在政府，根源在制度不完善，迟迟得不到解决的原因是政府行为不规范。鉴于此，仅靠一般性发文号召，动员各级政府自己解决自己的问题已很难奏效。
必须改变思维，从规范政府行为入手，针对煤炭税费问题的特点，利用行政上下级服从上级的规则，由党中央、国务院统一做出部署，从中央到煤炭主产地的各级政府，建立由各级主要领导直接负责，发展改革、财政税务、纪检司法、能源煤炭等部门领导为成员的“推动煤炭税费制度改革领导小组”，并由上级单位派出工作组到下一级单位负责督导，形成自上而下解决煤炭税费问题的垂直领导系统，按党中央、国务院做出的统一部署全面同步推进，尽快打破既得利益链，破除已形成的煤炭收费网，加快建立健全具有中国特色的现代煤炭税费制度。
解决问题的五项原则
解决煤炭税费问题要坚持如下原则：
1.要有利于煤炭产业发展和现代能源产业体系的建立，确保国家能源安全和国民经济安全；
2.要有利于国家宏观经济控制力的不断提升，实现国民经济健康、稳定和可持续发展；
3.要有利于节约资源和保护环境基本国策的落实，全面建成具有中国特色的小康社会；
4.要有利于增加财政收入，不断提升综合国力；
5.要有利于规范政府行为，依法治国，实现政府清廉、政治清明。
有效解决煤炭税费问题，能使煤炭企业税费负担过重现象有所改观，涉煤收费过滥和税“费”化问题得到根本性解决，建立健全法制规范、效率优先、兼顾公平、满足煤炭产业在国民经济中的战略地位要求、与市场经济体制相适应的新的煤炭税费制度体系。
“清费”与“正税”并举
在解决我国煤炭税费问题上，要“清费”与“正税”并举。
所谓“清费”，是指在理清各种涉煤收费的基础上，加以科学论证后，取消所有不合理收费。
所谓“正税”，是指在“清费”的基础上，正本清源，完善税制，彻底解决税费界定不清问题，建立健全相应的税收制度。
“清费”是“正税”的前提和条件，只有把“清费”的基础性工作做好，才能保证“正税”工作的顺利开展。因此，科学推进必须坚持“清费”与“正税”并举。“清”字当头，“正”在其中，不能单边推进。
解决好煤炭税费问题，要组织力量深入调查研究。要正确定位相关税种的性质、功能，明确各种收费的属性和依据，稳中求进。
关于“清费”
其一，要全面清除省级以下地方人民政府越权擅自设立的附加在煤炭上征收的基金和收费项目；对省级人民政府对煤炭征收的基金和收费项目，凡与国务院批准的山西试点要求不符的也全部清除；凡在2011年11月30日国家发改委《关于加强发电用煤价格调整的通知》下发以后设立的基金或收费项目，无论与山西试点要求是否相符，都一并清除。
其二，要对中央政府和省级人民政府依照法律程序设立的基金和收费项目全面清查，分类解决。凡可通过立税收取的，要全部立税收取，如资源环境类的各项收费；凡经济建设类的基金和收费项目应取消或改为资本项目；凡已有财政拨款的行政管理类收费全部取消；凡政府越位收取的属于微观经济范畴的收费，如属于市场行为类的煤炭价格调节基金和企业行为类的煤矿转产发展基金一律停止征收；交通运输类的收费除通过物价部门核准的服务类收费外，一律取消；社会功能类收费可按全社会无差异规则处理。
关于“正税”
改革资源税。资源税一般是指开发和利用国家即有资源的单位或个人，以其所开采或利用的资源作为纳税对象，向国家缴纳的一种税收，其基本功能为调节因资源因素产生的级差收入和增加财政收入；考虑我国基本国策的要求，还应起到促使企业和个人节约资源的作用。资源税的“正税”工作，要强化其功能，并在此基础上改革计征方式。由现行的从量计征改为从量计征与从价计征相结合的复式计征，并按照煤炭资源条件和回收率，实行级差税率。
设立环境税。煤炭生产消费过程污染较大，而我国尚未出台专门针对环境污染或生态破坏的环境保护税，因此涉及环境保护的收费越来越多。当务之急，应在征收环境保护费经验的基础上尽快确立环境保护税的计税依据和征收方案，并适时推出环境保护税。
完善增值税。煤炭是资源性产品，在产品成本支出项目中，可供抵扣的进项税额少。国家应该充分考虑煤炭企业井下作业的特殊性和煤炭产品成本构成的特点，在现行增值税政策的基础上，进一步完善增值税，扩大煤炭企业进项税抵扣范围。将煤炭企业购置固定资产、煤矿生产的特殊用料，包括争议较大的巷道等, 纳入进项税抵扣范围。
规范所得税。合理确定所得税税前扣除项目，除法律法规明确规定的准予扣除项目外，应对按规定提取的维简费、安全生产费用、矿山环境恢复治理保证金、煤矿转产发展基金、矿业权价款、煤炭资源勘查费用、生产前开发支出费用等待摊费用，以及井下艰苦岗位津贴支出准予税前扣除。
解决问题的保障措施
全面推进煤炭税费制度综合改革，解决煤炭税费问题，是一项涉及面广，对既得利益者冲击力大，影响深远，系统性强，而且在推进过程中可能会出现新情况、产生新问题的艰巨而复杂的工作。因此，必须采取相应的保障性措施。
1.继续深化经济体制改革，全面实行政企分开、政资分开，全面实现煤炭资源配置和再配置市场化，全面建立煤炭价格市场化的形成机制。
2.加快制度创新步伐，建立健全兼顾价费利税、公平与效率的煤炭收入分配和再分配制度；加快煤炭法制建设，在完善现有涉煤法律法规的基础上，加快推进《煤炭资源法》《煤炭成本核算法》等法规制定工作。
3.严肃党的纪律，规范政府行为，做到有令则行、有禁则止。对那些未按党中央、国务院的要求积极推进该项工作的部门和人员要问责。
4.关注和解决出现的新问题。煤炭税费制度改革不仅会改变原有的国民收入分配和再分配的格局，而且可能会影响一些部门的行政秩序、机构设置和人员编制，甚至发展规划。对此，不仅要有思想上的准备，而且要做好必要的专项经费预算。
