煤炭内河运输通道主要包括长江和京杭运河，主要是将来自晋、冀、豫、皖、鲁、苏及海进江（河）的煤炭由铁路、公路运至长江或运河的煤炭中转港或主要支流港中转后，用轮驳船运往华东和沿江（河）用户，还有贵州少量煤炭经长江运往广东地区。长江和运河的主要港口有枝城港、芜湖港(600575,股吧)、武汉港、(002040,股吧)和徐州港。沿海、长江是华东、华南煤炭运输的主要通道，水路运输承担了华南地区调进煤炭的90%，承担了华东地区调进煤炭的70%。
海路运输和内河运输一起形成了我国“北煤南运”、“西煤东运”的水路运输格局。近十年来，通过对北方大型煤炭装船港和南方煤炭接卸港的大规模建设，以及大型运煤船队的发展，煤炭水路运输能力有了很大的提高。
在北煤南运、西煤东运的过程中，水路运输能力在煤炭运输系统中仅次于铁路。从地区来看，山西、内蒙古、陕西的煤炭主要通过北方的天津、秦皇岛、黄骅港下水, 其中山西和内蒙古的煤炭主要通过天津港和秦皇岛港下水, 陕西的煤炭主要通过天津港和黄骅港下水，通过海运运往上海、江苏、浙江、福建、广东五个沿海省市。另外, 山东的煤炭主要通过日照港下水转运。与捉襟见肘的铁路运输相比，由于各地港口和运输船队建设已经实施市场化运作，我国煤炭的水路运输能力和港口建设增长迅猛。沿海港口目前煤炭一次下水量年增速10.67%，已经从2000年的1.89亿吨，增长至2010年的5.21亿吨。
2012年沿海港口煤炭发运量 （单位：万吨）
