对于煤炭资源税改革，不少支持之余也流露出担忧情绪。一位山西煤炭企业人士告诉记者，目前吨煤附加的各种税费基金在99元/吨-130元/吨之间，对于企业而言负担已十分沉重。若煤炭资源税从价计征实行，吨煤附加费用可能再增加5元/吨-10元/吨，恐将进一步增加企业经营负担。
中央财经大学中国煤炭经济研究所发布的《加快推进我国煤炭税费制度综合改革研究报告》显示，以矿产资源补偿费与资源税为例，2000年全国煤炭开采应缴资源税是资源补偿费的2.68倍，而到了2008年，资源税增长了0.93倍，资源补偿费则增长了10.36倍。 由此可见，资源税的增加必须以清理相关其他税费作为前提，否则很难真正动刀。
不过，煤炭行业专家李朝林在接受记者采访时表示，煤炭资源税改革未必会直接加重企业负担，关键在于政府和煤炭主管部门确定适当的税率，以及对于税外费用的态度。
事实上，“清费立税”的思路已经非常明确。2013年底，国务院公布《关于促进煤炭行业平稳运行的意见》明确，要对重点产煤省份煤炭行业收费情况进行集中清理整顿，坚决取缔各种乱收费、乱集资、乱摊派，切实减轻煤炭企业负担，同时加快推进煤炭资源税从价计征改革。目前贵州、山西等地出于种种考虑，均明确提出减轻省内煤炭企业费用负担。
“虽然同价征收资源税，肯定会增加煤炭企业的税负，但是整个行业的企业利润本来就比较高，这样征收也会在一定程度上促进这类企业的转型发展。”中国国际经济交流中心副研究员王天龙表示。
资源税是地方税种，煤炭资源税从价计征后，不论税率如何确定，无疑会大幅增加地方财政收入，相当于中央财政利益对地方财政的让渡。上述煤炭行业人士对记者表示，从地方政府角度而言，目前煤炭资源税从量计征，在地方税收中占比较小，如改为从价计征，煤炭资源税收将大幅上升，成为部分地区主要税种，将大大增强地方财力。所以多个煤炭资源省区均对于煤炭资源税从价计征改革均表现出积极的态度。
业内专家表示，从价计征最大的好处是能够真实反映的变动情况和稀缺程度，有利于提高煤炭的利用效率。
“现在执行的煤炭资源税从量计征的方式存在不少弊端，煤炭价格近几年大幅变动，从最开始的一吨几十元，涨到最高时的千余元，从量计征难以让公众在价格的大幅上涨中保持权益。”中国能源研究会副理事长周大地日前在接受媒体采访时表示，从价计征则不存在以上问题，好煤、稀缺的煤卖得贵一些，这样煤炭资源税会多收一些，当然如果煤炭价格下跌，资源税征收也可适当少收，这样就可保证所有人的权益，而且可以防止资源无偿浪费使用。
