《规划》提出，“十二五”公路水路交通运输环境保护工作要以建设绿色交通运输体系目标为引领，以可持续发展理念为先导，以交通运输行业加快调整结构、转变发展方式为契机，以体制机制和科技创新为支撑，坚持“立足行业，适应发展；统筹规划，分类指导；重点突破，有序推进；科技先导，政策支持”的基本原则，着力加强行业环境污染防治，积极推进生态环境保护，提升行业环境保护监管水平，不断完善行业环境保护法规和标准，努力构建资源节约型、环境友好型的现代交通运输业。
根据《规划》，“十二五”期，交通运输水路生态保护和污染治理方面将在生态型港口工程示范、港口生态修复试点、内河航道生态修复试点、施工期港口航道污染治理、营运期港口污水处理与回用设施建设、内河船舶废弃物收集处理设施建设、船舶生活污水接收处理设施建设和港口散货粉尘治理等八大领域开展重点建设，实现 “十二五”公路水路交通运输环保发展目标。
此外，《规划》还指出，“十二五”期，我国将加快内河高等级航道建设，预计“十二五”末全国内河高等级航道将达到1.33万公里。天然河流的大规模航道建设和梯级开发，有可能对河流湖泊生态系统带来不良影响。“十二五”期，我国沿海港口将重点开发建设一批新港区，预计新增深水泊位440个。这些港区大多是在原有自然岸线基础上开发建设，对于沿海湿地、水生物种的保护都会产生一定影响。
《规划》提出，到2015年，实现公路水路交通环境污染得到有效控制，资源集约利用与生态保护取得实质性突破，污染事故应急处置能力进一步提升，行业环境保护管理体系基本健全，行业环保科技支撑能力显著增强。其中，沿海重点水域形成应对1000吨以上水上溢油事故的应急能力，一般港口水域形成应对200吨到500吨水上溢油事故的应急处置能力。
