随后不久，上述两份《指导意见》的草案开始征求意见和修改。然而，迄今为止再无下文。
11月中旬，南都记者从发改委相关官员处获悉，这两份《指导意见》已经搁置，因为“争议比较大，条件不成熟”。
焦点是环保问题
在这两份《指导意见》中，“适度发展”煤制油和煤制气都被赋予了重要的战略意义，需要“重点建设”的示范基地集中在黄河流域的陕西、内蒙古、宁夏等地。然而，这些地区恰恰又都是水资源有限、生态系统较为脆弱的地方。因此，“量水而行”和“落实最严格的环保要求”成为了指导性的基本原则。新建项目被要求落实环境容量和排污去向，废水废气都被要求严格执行相关排放标准。
如果按原计划推进产业化的示范，这样的要求能够被满足吗？尤其是那些规划在干旱地区，没有任何污水排放条件的大型项目，如果必须推进，又要符合环保要求，就只能按照“零排放”的标准来设计和实施。先期已经于这些地区投产的示范性项目就是以这种方式获得的“路条”。
就在两份《指导意见》开始制定前不久，在环保部环境工程评估中心组织的一次研讨会上，全国各地已经有现成经验的各类煤化工企业，都被摆上桌面讨论—究竟有没有一家企业真正实现了号称的废水“零排放”？现有的生产工艺、污水处理技术以及管理规范，能不能真正做到清洁无污染？
有的企业，数次改造的投入已经比最初的计划投资翻倍，但仍然因为“不可避免”的污染而被罚款；有的企业花了数百万做调研，却发现“自己都难以说服自己”，于是顶着地方政府不断催促的压力暂停了投资计划。
环境工程评估中心石化轻纺评估部主任周学双告诉南都记者：“如果‘零排放’只是为了突破上项目的环境限制而编出来的一个神话，现有工艺技术根本做不到的话，那么就必然意味着，要么是污染转移，要么是偷排偷放。结论可以待事实去验证。”
“计划外”污染
在陕西省榆林市靖边县，有一片叫做芦河的封闭湿地，曾是当地农民饮用和灌溉的水源。2012年左右，芦河的水面开始被大面积黑色的污水和白色的泡沫所覆盖，当地居民告诉南都记者，这都是由一根排污管造成的，排污管连接着正在建设中的延长中煤榆林能源化工有限公司的大型化工厂。
这个化工厂，号称“全球首套煤、油、气综合利用项目”，总投资285亿元，主要由180万吨的煤制甲醇和150万吨的渣油热裂解及下游产品组成。
按照以前的环保总局和现在的环保部历来的环评分级审批规定，这样的项目应该由环保部来审批。然而，经南都记者核实，这个陕西省的重点项目在2008年的时候，就由陕西省环保厅直接批了。因为项目所在地没有可以纳污的水体，所以陕西省环保厅就以“零排放”作为项目的实施条件和水污染控制的目标。随后，项目建设启动，迄今为止尚未满负荷运行，却已经频发污染事件。
