意见明确，到2017年，长江经济带水环境质量不降低并力争有所改善，主要污染物排放总量继续减少，涉危企业环境风险防控体系基本建立。到2020年，长江经济带水环境质量持续改善，水质优良（达到或优于Ⅲ类）比例总体稳定保持在75%以上，干流水质稳定保持在优良水平；饮水安全保障水平持续提升，地级及以上城市集中式饮用水源水质达到或优于Ⅲ类比例总体高于97%；主要污染物排放总量大幅削减；三峡库区水质进一步改善；太湖等主要湖泊富营养化得到控制。
意见指出，将修复长江生态环境摆在压倒性位置，以改善水环境质量为核心，强化空间管控，优化产业结构，加强源头治理，注重风险防范，全面推进长江水污染防治和生态保护与修复。将探索建立流域联防联控、协同治理新机制，加快形成“目标明确、责任清晰、监管到位、全民参与”的长江水污染防控格局，确保“一江清水”永续利用，促进长江经济带可持续发展。
意见着重强调，将深化重点领域污染防治。2016年底前，完成造纸、制革、电镀、印染、有色金属等重点行业专项治理任务。强化工业集聚区污染治理，引导工业企业向产业园区集中。2017年底前，长江经济带全部工业集聚（园）区必须建成污水集中处理设施及自动在线监控装置，并稳定运行，长三角区域提前一年完成。2018年底前，完成沿江已有工业集聚（园）区环境影响核查和跟踪评价，以及省级以上园区循环化改造。同时，针对该区域，要加强突发环境事件风险防控；实施生态保护与修复；充分发挥市场机制作用。
